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根据增值税的相关规定，红冲发票是指对已经开具的发票进行作废处理，并重新开具新的发票。对于已经开具但后来被红冲的发票，如果该发票在当月已经申报并缴纳了增值税，那么在红冲后可以申请退税或抵扣下一期应交税款。

具体来说：

1. 9月份开具发票并确认收入：
- 借：银行存款 100,000元
- 贷：主营业务收入 100,000元
- 同时确认销项税额（假设税率为13%）：
- 借：主营业务收入 13,000元（销项税额）
- 贷：应交税费——应交增值税（销项税额） 13,000元

2. 10月份红冲9月份的发票：
- 借：预收账款 100,000元
- 贷：主营业务收入 100,000元
- 同时冲减销项税额：
- 借：应交税费——应交增值税（销项税额） 13,000元
- 贷：主营业务收入 13,000元（销项税额）

3. 关于增值税的处理：
- 如果9月份已经申报并缴纳了增值税，可以在10月份申请退税或抵扣下一期应交税款。

分录示例

# 9月份开具发票时：
```markdown
借：银行存款 100,000元
贷：主营业务收入 100,000元

借：主营业务收入 13,000元（销项税额）
贷：应交税费——应交增值税（销项税额） 13,000元
```

# 10月份红冲发票时：
```markdown
借：预收账款 100,000元
贷：主营业务收入 100,000元

借：应交税费——应交增值税（销项税额） 13,000元
贷：主营业务收入 13,000元（销项税额）
```

综上所述，9月份开具的发票在10月份红冲后，如果9月份已经申报并缴纳了增值税，可以申请退税或抵扣下一期应交税款。具体情况需要根据当地税务规定和实际操作流程进行处理。