1、独立性不同：根据IIA国际内部审计师协会于2011年发布的内部审计实务框架第1100、1110章节，内部审计的独立性包含两方面，一方面是指内审人员履职时免受威胁，另外一方面指审计组织机构的独立，即与董事会的汇报关系的独立。相比外部审计常用的《独立审计准则》，因两者的目标不同和服务对象不同，导致两者独立性不相同。

2、审计目标不同：外部审计的目标常常受到法律和服务合同的限制，如常见业务——财务报表审计的目标是财报的合法性、公允性作出评价，而内部审计的目的是评价和改善风险管理、控制和公司治理流程的有效性，帮助企业实现其目标。

3、关注的重点领域不同：外部审计的关注重点领域受到法律和合同指定，例如财务报表审计中，外部审计主要侧重点是会计信息的质量和合规性，也就是对财报的合法性、公允性作出评价。而内部审计主要侧重点是经济活动的合法合规、目标达成、经营效率等方面。

4、业务范围不同：外部审计的业务范围受到法律和合同的指定，如财务报表审计、内部控制审计、鉴证审计、尽职调查等业务。而内部审计是以企业经济活动为基础，拓展到以管理领域为主的一种审计活动。

5、审计标准不同：内部审计的标准是非法定的公认方针和程序；外部审计的标准是法定的独立审计准则和相关法律法规。

6、专业胜任能力要求不同：内部审计要求具备较高的管理知识水平，由于内部审计的目标是帮助企业实现其目的，改善机构运作并增加价值，故要求内部审计人员具备较高的管理知识与水平。