股权转让后，企业所得税的申报会有所变化。具体来说，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。然后，从转让股权收入中扣除为取得该股权所发生的成本后，就得到了股权转让所得。需要注意的是，企业在计算股权转让所得时，不能扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。此外，根据《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号），在企业股权收购重组交易中，被收购方应确认股权转让所得或损失；收购方取得股权的计税基础应以公允价值为基础确定；被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。因此，你公司在进行季度申报时，需要按照上述规定，将股权转让收入和相关成本反映在税务报表上。

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