以员工个人费用发票，或者员工找人开来的费用发票入账，本质上就属于虚开增值税发票，即使取得的是普票不能抵扣进项，依然造成了企业所得税的少交和员工工资薪金个人所得税的少交。长此以往，积少成多，企业风险巨大，财务同样风险巨大。
2. 发票本身的不规范风险：增值税发票本身的格式、日期、单位、备注栏、清单附件等都有非常严格的要求，这种通过不正规场合私下取得的发票常常本身存在诸多不规范，实务中上述问题都屡有发生，财务稍有不慎就会导致不合规票据的入账，给企业和财务人员工作惹来麻烦。最常见的是日期的问题，由于是员工东拼西凑的发票，很多在日期上没有规律，甚至很久以前的发票也拿来报销。
3. 发票伴随的证据链条风险：站在税务机关的角度，费用的背后是企业的对外交易，有业务发生，有对外支付的资金流，有取得的合规发票，也有相关合同（某些交易可能没有），还要有相关的内部审批流程，这才构成了费用的证据链条，这个链条中发票当然是重要的一环，但发票确不是唯一的一个。如果其他证据链缺失的情况下，仅仅拿来发票报销，风险巨大。比如有企业入账的差旅费用，公司在北京，突然出现福建的住宿发票入账报销，一无往返机票，二无出差审批，这样的一张发票强行入账也是无济于事的。
4. 费用比例失衡风险：很多企业内部对于员工可以抵工资薪金的费用发票类型还做了规定，比如餐饮发票不可以，加油票可以，购买办公用品可以，购买电器可以等等，问题是员工能够拿来什么发票公司是无法掌控的，最终导致的可能就是费用比例的失衡，这种失衡表现在两个方面：一个方面是某一方面费用超标到不合理的状态，比如油费发票较容易取得，大多数员工拿来的是油费发票，与公司公车拥有量相比，油费发票严重超标，显然不合理；另一个方面是某个时间阶段费用突然异常，比如集中在每年元月份，公司发放年度奖金和奖励时，员工大量报销各种费用，导致元月份费用异常发生。
5. 公司财务分析混乱风险：公司正常经营的成本费用数据，对于整体财务分析和经营分析是有意义的，但如果费用中掺杂了大量的非正常报账费用，对于财务分析的真实性和可参考性无疑是带来巨大影响。而要在内部分析中将这些费用发票剔除，不仅麻烦，而且容易造成事实上的两套账，给企业带来更大麻烦。员工工资薪金，尤其是高管工资薪金如果个税较高，需要筹划，也应当在合理合法的前提下进行优化安排，而不是采用简单粗暴的发票抵账，看似简单易行，实则麻烦且风险巨大。
综上所述，公司用发票抵部分工资存在虚开增值税发票风险、发票本身的不规范风险、发票伴随的证据链条风险、费用比例失衡风险以及公司财务分析混乱风险。这些风险都可能给公司带来严重的法律后果和财务损失。因此，建议公司在处理员工工资问题时，应严格遵守相关法律法规和会计准则，避免使用发票抵工资的方式。
以员工个人费用发票，或者员工找人开来的费用发票入账，本质上就属于虚开增值税发票，即使取得的是普票不能抵扣进项，依然造成了企业所得税的少交和员工工资薪金个人所得税的少交。长此以往，积少成多，企业风险巨大，财务同样风险巨大。
2. 发票本身的不规范风险：增值税发票本身的格式、日期、单位、备注栏、清单附件等都有非常严格的要求，这种通过不正规场合私下取得的发票常常本身存在诸多不规范，实务中上述问题都屡有发生，财务稍有不慎就会导致不合规票据的入账，给企业和财务人员工作惹来麻烦。最常见的是日期的问题，由于是员工东拼西凑的发票，很多在日期上没有规律，甚至很久以前的发票也拿来报销。
3. 发票伴随的证据链条风险：站在税务机关的角度，费用的背后是企业的对外交易，有业务发生，有对外支付的资金流，有取得的合规发票，也有相关合同（某些交易可能没有），还要有相关的内部审批流程，这才构成了费用的证据链条，这个链条中发票当然是重要的一环，但发票确不是唯一的一个。如果其他证据链缺失的情况下，仅仅拿来发票报销，风险巨大。比如有企业入账的差旅费用，公司在北京，突然出现福建的住宿发票入账报销，一无往返机票，二无出差审批，这样的一张发票强行入账也是无济于事的。
4. 费用比例失衡风险：很多企业内部对于员工可以抵工资薪金的费用发票类型还做了规定，比如餐饮发票不可以，加油票可以，购买办公用品可以，购买电器可以等等，问题是员工能够拿来什么发票公司是无法掌控的，最终导致的可能就是费用比例的失衡，这种失衡表现在两个方面：一个方面是某一方面费用超标到不合理的状态，比如油费发票较容易取得，大多数员工拿来的是油费发票，与公司公车拥有量相比，油费发票严重超标，显然不合理；另一个方面是某个时间阶段费用突然异常，比如集中在每年元月份，公司发放年度奖金和奖励时，员工大量报销各种费用，导致元月份费用异常发生。
5. 公司财务分析混乱风险：公司正常经营的成本费用数据，对于整体财务分析和经营分析是有意义的，但如果费用中掺杂了大量的非正常报账费用，对于财务分析的真实性和可参考性无疑是带来巨大影响。而要在内部分析中将这些费用发票剔除，不仅麻烦，而且容易造成事实上的两套账，给企业带来更大麻烦。员工工资薪金，尤其是高管工资薪金如果个税较高，需要筹划，也应当在合理合法的前提下进行优化安排，而不是采用简单粗暴的发票抵账，看似简单易行，实则麻烦且风险巨大。
综上所述，公司用发票抵部分工资存在虚开增值税发票风险、发票本身的不规范风险、发票伴随的证据链条风险、费用比例失衡风险以及公司财务分析混乱风险。这些风险都可能给公司带来严重的法律后果和财务损失。因此，建议公司在处理员工工资问题时，应严格遵守相关法律法规和会计准则，避免使用发票抵工资的方式。
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