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上海新办企业核税流程主要包括以下步骤：

1. 前期准备
- 完成工商登记：取得营业执照，这是进行税务登记的前置条件。需准备好公司名称、经营范围、注册资本、股东信息等资料，前往上海市市场监督管理局办理注册登记手续，领取营业执照副本。
- 确定纳税人类型：根据自身业务情况和规模，确定是选择成为小规模纳税人还是一般纳税人。小规模纳税人通常适用于年销售额未超过500万元的企业，会计核算相对简单，税率较低；一般纳税人则适用于年销售额超过500万元或虽未超过但会计核算健全、能够提供准确税务资料的企业，可享受增值税进项税额抵扣等政策。

2. 税务登记
- 线上申报：登录国家税务总局上海市电子税务局，点击 “免登陆功能”，选择 “新办企业快速通道” 链接进入操作界面。输入新办企业 “统一社会信用代码”“法定代表人身份证号码” 和经办人信息，获取并输入验证码后，系统将自动抽取工商登记信息。若尚未完成注册登记或工商部门尚未将相关登记信息共享至税务部门，需先前往工商部门核实。
- 信息填报与提交：如实填报企业涉税事项申请和信息，包括登记信息确认（如纳税人基本信息、负责人信息、总分机构信息、注册资本和投资方信息等）、财务会计制度备案、存款账户账号报告、网签三方协议、一般纳税人资格认定、发票票种核定、扣缴税款登记、CA证书开户等。其中，纳税人资格类型选择、财务会计制度备案、银行存款账户报告以及三方协议、发票票种核定及调整、CA证书开户等为必选项，部分内容根据企业实际情况填写。

3. 约谈与实地核查
- 约谈法人及财务人员：税务专管员会对企业的法人及财务人员进行约谈，主要询问公司的经营目的、经营范围等问题，以进一步了解企业的基本情况和税务需求。
- 实地核查（视情况而定）：一般情况下，对于新办企业，税务机关可能会进行实地核查，查看企业的实际经营地址是否与注册地址一致，是否具备实际的经营场所等。

4. 税种核定与发票领购
- 税种核定：税务机关根据企业的业务范围和性质，核定企业需要缴纳的税种，如增值税、企业所得税、城市维护建设税、教育费附加等，并确定纳税人类型。如果企业选择了一般纳税人身份，还需进行一般纳税人资格认定。
- 发票领购：税种核定完成后，企业可以申请领购发票。初次领购发票，需携带相关资料前往办税大厅确认，并选择领票员。

总之，上海新办企业核税流程涉及多个步骤，从前期准备到税务登记，再到约谈核查与最后的税种核定及发票领购，每一步都需仔细操作以确保税务合规。建议企业在专业人员的指导下进行核税流程，以避免不必要的麻烦和风险。