对于公司员工是退伍军人且有部队发放的残疾人证的情况，除了社保公积金和7项专项扣除外，可能还有以下个人所得税扣除项目：
1. 残疾、孤老人员和烈属的所得减免：根据《中华人民共和国个人所得税法》第五条的规定，残疾、孤老人员和烈属的所得可以减征个人所得税。具体到你的情况，作为持有部队发放的残疾人证的员工，其工资薪金所得有可能适用这一减免政策。然而，需要注意的是，并非所有残疾等级都能享受减免，且具体减免幅度由省、自治区、直辖市人民政府规定。
2. 企业安置残疾人员工资加计扣除：如果企业聘用了持有残疾人证的员工，包括退伍军人，并为其支付了不低于当地最低工资标准的工资，那么企业在计算应纳税所得额时，可以在据实扣除支付给残疾职工工资的基础上，按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。这意味着，企业可以因为聘用了残疾员工而获得额外的税收优惠。同时，企业也应当关注国家的税收优惠政策动态，以便及时申请并享受相关优惠。
对于公司员工是退伍军人且有部队发放的残疾人证的情况，除了社保公积金和7项专项扣除外，可能还有以下个人所得税扣除项目：
1. 残疾、孤老人员和烈属的所得减免：根据《中华人民共和国个人所得税法》第五条的规定，残疾、孤老人员和烈属的所得可以减征个人所得税。具体到你的情况，作为持有部队发放的残疾人证的员工，其工资薪金所得有可能适用这一减免政策。然而，需要注意的是，并非所有残疾等级都能享受减免，且具体减免幅度由省、自治区、直辖市人民政府规定。
2. 企业安置残疾人员工资加计扣除：如果企业聘用了持有残疾人证的员工，包括退伍军人，并为其支付了不低于当地最低工资标准的工资，那么企业在计算应纳税所得额时，可以在据实扣除支付给残疾职工工资的基础上，按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。这意味着，企业可以因为聘用了残疾员工而获得额外的税收优惠。同时，企业也应当关注国家的税收优惠政策动态，以便及时申请并享受相关优惠。
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