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在处理退税问题时，税务局会综合考虑多方面的因素，包括公司的法人身份、税务状态以及相关的财务文件和税务申报情况。针对你提到的情况，A、B、C三个公司虽然与那两个税务状态非正常的公司无直接关联，且各自的法人不是老板，但老板作为实际管理人在各个公司中的影响和操作可能引起税务局的关注。

以下是对这种情况的具体分析：

1. 法人身份与实际控制人的区别：
- 法律上，法人代表对公司的行为承担法律责任。老板虽然不是法人，但在A、B、C公司中作为实际控制人，其决策和签字显然对公司的运营有显著影响。
- 税务局在审查退税申请时，可能会评估实际控制人的权限和其在公司中的实际作用，特别是在财务和税务决策方面。

2. 影响退税审查的关键因素：
- 即使A、B、C公司的法人不是老板，税务局在处理这些公司的退税申请时，仍可能会考虑老板在其他公司的非正常税务状态。
- 老板的签字出现在付款申请单和其他文件中，可能会被视为这些公司之间有某种程度的内部联系或影响力延展。

3. 文件合规性与退税可能性：
- 如果A、B、C公司能够提供完整的、符合规范的财务和税务文件，表明其增值税申报和缴纳是正确的，退税申请则有可能被接受。
- 各公司的税务状态独立，A、B、C公司若保持良好的税务记录和合规性，有助于退税申请的批准。

4. 与税务机关的沟通：
- 建议与税务局保持开放和透明的沟通。说明A、B、C公司与那些税务状态非正常公司之间没有法律和财务上的直接联系。
- 提供充足的证据和文档支持，证明A、B、C公司的独立性及老板在这些公司中角色的正当性。

总结来说，A、B、C公司尽管与老板的其他公司存在某种形式的关联（即老板作为实际管理人），但每个公司都是独立纳税主体。只要这些公司能够按照规定提交合格的退税申请并证明自身的税务合规性，退税请求是有可能被批准的。同时，需要密切关注税务局对此事的指导和反馈，确保所有操作都在法规允许的框架内进行。

在会计和税务处理中，实际管理人的身份通常会影响公司的财务决策和税务申报。根据你的描述，老板虽然是A、B、C三个公司的实际管理人，但法人代表是别人。这种情况下，老板的签字存在于付款申请单和其他文件中，表明他在实际运营中具有决策权。

关键考虑因素：

1. 实际控制与法律责任：尽管老板是实际控制人，但法律上的责任人是法人代表。这种结构可能影响退税申请的接受程度，因为法律文档和申报记录需要反映真实的经营情况。

2. 文件和签名的合法性：老板的签字如果被广泛接受于公司的正式文件中，这表明他在公司运作中具有决定性的角色。这可以被视为一种潜在的证据，说明其对公司财务和税务申报的直接影响。

3. 税务合规性与审查：税务局在处理退税申请时，会详细审查公司的税务申报历史和文件的合规性。老板作为实际控制人的签字，可能会使得税务局增加对公司操作的关注，尤其是在存在非正常户状态的关联公司情况下。

4. 退税申请的可能性：考虑到A公司多缴税款的情况，理论上有可能申请退税。然而，由于老板的其他公司存在税务问题，这种情况可能会引起税务机关对A公司退税申请的额外审核。

5. 相关法规依据：根据现有的税务管理规定，只要企业能够证明其申报的增值税额度是准确无误的，且符合相关税法规定，理应可以申请退税。



综上所述，虽然存在一定风险，A公司仍有可能申请退税，尤其是在老板作为实际控制人，且其签字在公司重要财务文件中有广泛体现的情况下。同时，保持与当地税务机关的良好沟通，了解所有必要的退税流程和要求，将有助于顺利完成退税过程。