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在建筑行业，付款主体与开票主体不一致确实可能带来较大的税务风险。以下是具体分析及建议：

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一、税务风险分析
1. 虚开发票风险
- 根据《发票管理办法》第二十二条，发票必须由实际经营业务的一方开具。如果分公司未实际提供服务或货物，仅以“代收款”名义开票，可能被认定为“与实际经营业务不符”，构成虚开发票。
- 若总公司与分公司之间无明确授权或业务分包协议，税务机关可能质疑交易真实性，进而认定发票无效，导致企业所得税前扣除和增值税进项税抵扣被驳回。

2. “三流一致”原则的挑战
- 税务管理中强调“资金流、发票流、业务流”三流统一。若付款流向总公司、开票主体为分公司，可能因“三流不一致”引发税务稽查，尤其是跨省交易或大额交易。
- 例如：总公司收款后未及时转付分公司，或缺乏内部资金划转凭证，可能被怀疑存在资金回流或虚构交易。

3. 纳税义务争议
- 若分公司实际提供建筑服务，但由总公司开票或收款，可能导致分公司未按规定申报增值税，而总公司错误承担纳税义务。例如：分公司未独立核算税款，总公司汇总纳税时可能漏报分公司收入，引发补税风险。

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二、建筑行业的特殊性
1. 国家税务总局2017年11号公告的例外规定
- 允许情形：建筑企业与发包方签订合同后，可通过内部授权或三方协议，由分公司直接提供建筑服务并开票，同时由分公司直接与发包方结算工程款。此时，分公司开票且纳税，总公司不重复缴税。
- 关键条件：
- 合同明确约定分公司实际履行义务；
- 分公司独立核算并直接收取工程款；
- 总公司与分公司签订内部协议，明确业务分包关系。

2. 实操中的合规要点
- 合同签署：建议采用“三方协议”模式，即发包方、总公司、分公司共同签订合同，明确分公司为实际服务提供方和开票主体。
- 资金流转：若付款仍流向总公司，需在合同中约定总公司为“代收代付”角色，并保留资金划转凭证，确保分公司实际收到款项。
- 税务申报：分公司需独立核算增值税，并按当地税局要求申报纳税，避免因“四流不一致”被认定为虚开发票。

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三、风险规避建议
1. 完善合同与内部协议
- 在合同中明确总公司与分公司的责任划分，如总公司负责签约和收款，分公司负责施工和开票，并约定资金划转流程。
- 通过内部协议补充约定，避免因主体不一致导致责任模糊。

2. 确保“三流合一”证据链完整
- 业务流：保留施工记录、验收单等证明分公司实际提供服务的文件。
- 资金流：总公司收款后需出具分公司的委托收款书，并保留资金划转银行回单。
- 发票流：分公司开具发票时，需备注合同编号和项目名称，与业务内容匹配。

3. 税务合规处理
- 若分公司独立纳税，需在本地办理税务登记，并按项目单独核算收入和税款。
- 若总公司汇总纳税，需在合同中明确分公司为“内部承包单位”，并经税务机关备案。

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四、总结
建筑行业允许分公司在满足条件（如内部授权、独立结算）时直接开票，但需严格遵循“三流合一”原则，否则可能面临虚开发票、纳税义务争议等风险。建议通过三方协议、内部结算单据和资金划转凭证等措施，确保交易合规性，并提前与当地税务机关沟通特殊业务模式。

在会计和税务处理中，付款给供应商总公司而由其分公司开具发票的情况需要特别小心处理，以确保合规性。以下是基于我的10年以上会计经验的分析：

1. 从法律规定角度看
- 分公司的资格：根据《公司法》规定，分公司不具有法人资格，但其可以在总公司授权范围内开展业务活动，包括开具发票。只要分公司与总公司之间有明确的授权关系，且分公司在其经营范围内开具发票，这种行为在法律上是允许的。

2. 从税务规定角度看
- 特定行业政策：在建筑行业，根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）规定，建筑企业与发包方签订建筑合同后，以内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（分公司）为发包方提供建筑服务，并由分公司直接与发包方结算工程款的，由分公司缴纳增值税并向发包方开具增值税发票，发包方可凭实际提供建筑服务的纳税人开具的增值税专用发票抵扣进项税额。但此规定仅针对建筑企业的建筑服务，对于其他行业无此类明确规定。
- 一般情况分析：对于除建筑行业外的其他行业，目前没有统一的明确规定允许这种情况。但从税务原理上看，如果业务实质是分公司提供的服务或货物，只是付款流向了总公司，那么从真实交易和实质重于形式的原则出发，分公司开票在一定程度上可能是合理的，但需要确保有充分的证据证明交易的真实性和合理性，如合同、协议、内部审批文件等，以应对税务机关可能的审查。

3. 从实际操作及风险角度看
- 合同签订：建议由项目甲方、总公司、分公司签订三方合同，明确约定由分公司执行合同，并负责开具发票以及办理财务结算等相关手续，以确保合同、发票、资金流的一致性和合理性，降低税务风险。
- 内部管理与沟通：总公司和分公司之间应建立完善的内部管理和沟通机制，明确业务操作流程、责任划分和资金调配方式等，避免出现管理混乱和账务不清的问题。同时，要对相关业务进行准确的财务核算和税务处理，确保符合会计准则和税务法规的要求。

付款给供应商总公司然后供应商分公司开票在特定条件下是可能可行的，但需要根据具体情况和相关法规进行谨慎操作，并确保有足够的证据支持交易的真实性和合规性，以防范潜在的税务风险。