根据我多年的会计经验，面对这种情况，我们需要冷静分析并采取合适的措施。以下是我的一些建议：
1. 配合税务机关协查：首先，应积极配合税务机关的协查工作，提供真实、完整的业务资料和相关证据，以证明发票所对应的业务是真实发生的。这包括合同、货物或服务交付记录、资金往来凭证等。
2. 进项税处理：关于是否需要将这两张发票做进项税转出，取决于税务机关的调查结果。如果调查确认发票对应的业务真实无误，且符合税法规定，那么这两张发票的进项税可以正常抵扣，无需转出。但如果调查发现存在虚开发票等违法行为，那么可能需要按照税务机关的要求进行相应的税务调整，包括进项税转出等。
3. 涉税问题处理：对于涉及到的所有税款是否需要退回去的问题，同样需要根据税务机关的调查结果来确定。如果公司因为欠缴土地税而被要求补缴税款及滞纳金，那么这部分税款是需要按照规定缴纳的。但如果是因为其他原因导致需要退税或补税，也需要根据具体情况来判断。
4. 加强内部管理：为了避免类似问题的再次发生，公司应加强内部管理，确保业务、财务、税务等方面的合规性。特别是要关注“四流一致”的问题，即发票流、资金流、货物流、合同流的一致性，以降低涉税风险。
总之，在面对税务机关的协查时，我们应保持冷静、积极配合，并根据调查结果采取相应的措施来处理涉税问题。同时，加强内部管理也是预防类似问题再次发生的重要措施。
根据我多年的会计经验，面对这种情况，我们需要冷静分析并采取合适的措施。以下是我的一些建议：
1. 配合税务机关协查：首先，应积极配合税务机关的协查工作，提供真实、完整的业务资料和相关证据，以证明发票所对应的业务是真实发生的。这包括合同、货物或服务交付记录、资金往来凭证等。
2. 进项税处理：关于是否需要将这两张发票做进项税转出，取决于税务机关的调查结果。如果调查确认发票对应的业务真实无误，且符合税法规定，那么这两张发票的进项税可以正常抵扣，无需转出。但如果调查发现存在虚开发票等违法行为，那么可能需要按照税务机关的要求进行相应的税务调整，包括进项税转出等。
3. 涉税问题处理：对于涉及到的所有税款是否需要退回去的问题，同样需要根据税务机关的调查结果来确定。如果公司因为欠缴土地税而被要求补缴税款及滞纳金，那么这部分税款是需要按照规定缴纳的。但如果是因为其他原因导致需要退税或补税，也需要根据具体情况来判断。
4. 加强内部管理：为了避免类似问题的再次发生，公司应加强内部管理，确保业务、财务、税务等方面的合规性。特别是要关注“四流一致”的问题，即发票流、资金流、货物流、合同流的一致性，以降低涉税风险。
总之，在面对税务机关的协查时，我们应保持冷静、积极配合，并根据调查结果采取相应的措施来处理涉税问题。同时，加强内部管理也是预防类似问题再次发生的重要措施。
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