初审。向科技或经贸部门提交初审材料，审核是否属于研究开发项目。每年12月31日前报送本年度研究开发项目初审材料，未通过初审的研究开发项目，不得享受。
鉴证。通过初审的研究开发项目，其年度研究开发费用的真实性、合法性与公允性须经有资质的中介机构进行鉴证，并出具年度研究开发费用鉴证报告。
向主管税务机关申请年度研究开发费的加计扣除。企业应在年度纳税申报期内（每年5月31日前）向税务机关提交以下材料：通过初审的企业研究开发项目审查表；企业研究开发项目实际发生费用年度汇总表；经有资质的中介机构出具的年度研究开发费用鉴证报告。
如果是指企业科研费用的扣除费用需要提交如下资料进行申请：
《研究开发费用加计扣除申请表》；
自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算。
自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。
自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表。
企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。
委托、合作研究开发项目的合同或协议。
研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料。
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鉴证。通过初审的研究开发项目，其年度研究开发费用的真实性、合法性与公允性须经有资质的中介机构进行鉴证，并出具年度研究开发费用鉴证报告。
向主管税务机关申请年度研究开发费的加计扣除。企业应在年度纳税申报期内（每年5月31日前）向税务机关提交以下材料：通过初审的企业研究开发项目审查表；企业研究开发项目实际发生费用年度汇总表；经有资质的中介机构出具的年度研究开发费用鉴证报告。
如果是指企业科研费用的扣除费用需要提交如下资料进行申请：
《研究开发费用加计扣除申请表》；
自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算。
自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。
自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表。
企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。
委托、合作研究开发项目的合同或协议。
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