根据中国的税法规定，公司租用员工车辆并支付租金，这笔租金属于员工的劳务报酬。因此，需要按照个人所得税法的相关规定缴纳个人所得税。
至于印花税，根据《中华人民共和国印花税暂行条例》的规定，印花税是对企业和个人在经济活动中书立、接受或者使用的应税凭证征收的一种税。租车协议作为一种合同，是需要缴纳印花税的。但是，由于这种租车协议是公司与员工之间的内部协议，且租金以补助形式合并在工资里发放，这种情况下通常不需要单独缴纳印花税。
然而，即使是内部协议，理论上也是需要申报印花税的，因为这是符合税法规定的义务。但实际操作中，由于金额较小且为内部交易，税务机关可能不会对此进行严格的征税管理。不过，为了遵守税法规定，建议还是应当依法申报印花税。
总结来说，公司租员工的车并支付租金，需要缴纳个人所得税，而印花税是否需要缴纳取决于当地税务机关的具体操作和要求。理论上是需要申报印花税的，但实际操作中可能会有所不同。
根据中国的税法规定，公司租用员工车辆并支付租金，这笔租金属于员工的劳务报酬。因此，需要按照个人所得税法的相关规定缴纳个人所得税。
至于印花税，根据《中华人民共和国印花税暂行条例》的规定，印花税是对企业和个人在经济活动中书立、接受或者使用的应税凭证征收的一种税。租车协议作为一种合同，是需要缴纳印花税的。但是，由于这种租车协议是公司与员工之间的内部协议，且租金以补助形式合并在工资里发放，这种情况下通常不需要单独缴纳印花税。
然而，即使是内部协议，理论上也是需要申报印花税的，因为这是符合税法规定的义务。但实际操作中，由于金额较小且为内部交易，税务机关可能不会对此进行严格的征税管理。不过，为了遵守税法规定，建议还是应当依法申报印花税。
总结来说，公司租员工的车并支付租金，需要缴纳个人所得税，而印花税是否需要缴纳取决于当地税务机关的具体操作和要求。理论上是需要申报印花税的，但实际操作中可能会有所不同。
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