下面我将针对你提出的问题进行回答：
1. 关于抵扣问题：
- 一般纳税人从小规模处购买自产自销的农产品并取得3%征收率的增值税专用发票，是可以按照9%计算抵扣进项税额的。这是根据财税〔2018〕32号文件以及财政部税务总局海关总署公告2019年第39号第二条规定，纳税人购进农产品，从依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
2. 关于认证及申报问题：
- 在系统内需要先对3%的专票进行认证（即勾选确认）后，才可以进行申报抵扣。具体操作流程如下：登录电子税务局，选择功能菜单【我要办税】-【税务数字账户】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】，进入【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】模块功能处理后，再到【抵扣勾选】模块对发票进行勾选。如果农产品发票是税务机关代开的，那么需要先到【抵扣勾选】-【代开农产品发票录入】进行补录后，再到【待处理农产品发票】功能处理后进行勾选。
3. 关于3%专票是否会一直在系统内存在：
- 只要该发票在认证抵扣的有效期内，并且符合相关规定和条件，就会一直在系统内存在。但如果超过了认证抵扣期限或者发票存在问题被认定为异常发票等特殊情况，可能会影响其在系统中的存在状态。一般来说，只要是正常的、合规的发票且在规定时间内进行了正确的操作，会在系统中保留相应的记录信息。
综上所述，一般纳税人从小规模处购买自产自销的农产品并取得3%征收率的增值税专用发票，可以按照9%计算抵扣进项税额，但需要在系统内先进行认证（勾选确认）后才能申报抵扣。至于3%专票是否会一直在系统内存在，取决于多种因素，包括认证抵扣期限、发票的合规性等。
下面我将针对你提出的问题进行回答：
1. 关于抵扣问题：
- 一般纳税人从小规模处购买自产自销的农产品并取得3%征收率的增值税专用发票，是可以按照9%计算抵扣进项税额的。这是根据财税〔2018〕32号文件以及财政部税务总局海关总署公告2019年第39号第二条规定，纳税人购进农产品，从依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
2. 关于认证及申报问题：
- 在系统内需要先对3%的专票进行认证（即勾选确认）后，才可以进行申报抵扣。具体操作流程如下：登录电子税务局，选择功能菜单【我要办税】-【税务数字账户】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】，进入【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】模块功能处理后，再到【抵扣勾选】模块对发票进行勾选。如果农产品发票是税务机关代开的，那么需要先到【抵扣勾选】-【代开农产品发票录入】进行补录后，再到【待处理农产品发票】功能处理后进行勾选。
3. 关于3%专票是否会一直在系统内存在：
- 只要该发票在认证抵扣的有效期内，并且符合相关规定和条件，就会一直在系统内存在。但如果超过了认证抵扣期限或者发票存在问题被认定为异常发票等特殊情况，可能会影响其在系统中的存在状态。一般来说，只要是正常的、合规的发票且在规定时间内进行了正确的操作，会在系统中保留相应的记录信息。
综上所述，一般纳税人从小规模处购买自产自销的农产品并取得3%征收率的增值税专用发票，可以按照9%计算抵扣进项税额，但需要在系统内先进行认证（勾选确认）后才能申报抵扣。至于3%专票是否会一直在系统内存在，取决于多种因素，包括认证抵扣期限、发票的合规性等。
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