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你老板的说法有一定的合理性，但也存在一些问题。

一、合理性
- 从最终纳税额角度
- 工资个税确实是累计交税的。个人所得税是按照综合所得（包括工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得）按年计征，平时每个月预扣预缴。从这个角度看，无论是1月、2月还是4月申报1月的工资个税，在全年总量上，只要累计的收入和扣除项目等没有变化，最终的纳税额在理论上应该是相同的。
- 例如，假设一个员工每月工资都是10000元，专项附加扣除等每月都是2000元，不管是哪个月申报，一年的应纳税所得额计算都是（10000×12 - 60000 - 2000×12）元，全年纳税总额是根据这个综合所得计算出来的，在某个时间点汇总申报时，确实对最终纳税额影响不大。

二、问题所在
- 从申报期限和合规性角度
- 尽管个税是累计交税，但税法规定了每月代扣代缴的义务。企业应在员工取得工资的次月15日内申报个税，这是法定的申报期限。如果没有按照规定期限申报，即使最终纳税额可能正确，但违反了税收征管的程序规定。
- 例如，如果一直不按照规定期限申报，税务机关可以依据《中华人民共和国税收征收管理法》对企业进行处罚，责令限期改正，并可处以罚款。
- 从员工权益角度
- 及时准确的申报个税关系到员工的权益。如果延迟申报或者合并申报导致个税计算不准确，员工可能无法及时享受到应有的税收扣除优惠，或者可能出现多缴税款的情况。
- 比如，员工可能在1月有符合规定的专项附加扣除项目，但由于延迟到4月申报，在这期间员工无法享受到该扣除对应的少缴税款的优惠，影响员工的现金流和实际收入。

综上所述，你老板说的“工资是累计交税”有一定道理，但不能因此忽视申报期限和申报准确性的要求，还是应该按照税法规定及时、准确地进行个税申报。

如果不按照正确的申报流程，将1月份代发的工资在4月与3月工资一起合并申报个税，可能会存在以下风险：

一、税务合规风险

1. 违反税收征管法规
- 税务机关对个人所得税的申报期限和申报内容有明确规定。工资薪金所得应按月代扣代缴，并在次月15日内申报。将本应2月申报的1月代发工资个税延迟至4月与3月工资一并申报，违反了正常的申报期限规定。
- 《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条规定，纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。

2. 申报数据不准确风险
- 这种合并申报可能导致申报数据混乱。1月和3月的工资可能因工作时间、工作内容、绩效等因素而有所不同，合在一起申报无法准确体现每个月的工资发放情况和个税计算基础，影响税务机关对工资薪金所得计税依据的判断。
- 例如，1月可能有试用期员工工资较低，3月员工转正后工资提高，合并申报无法准确反映各阶段工资变化对个税的影响，可能导致少缴或多缴税款。

二、员工权益受影响风险

1. 个人所得税计算不准确
- 不同的工资发放月份可能涉及到不同的扣除项目和金额。如专项附加扣除，员工可能在1月和3月有不同的扣除情况（如1月有子女教育专项附加扣除，3月新增住房贷款利息扣除等），合并申报可能无法准确核算每个月的应纳税所得额，导致员工个税计算不准确。
- 若因合并申报导致员工个税多缴，员工的到手工资会减少，影响员工的经济利益；若少缴，后续税务机关检查发现，员工可能需要补缴税款，还可能面临处罚。

2. 社保缴纳基数受影响
- 社保缴纳基数通常与工资收入相关。如果1月代发工资在4月与3月工资合并申报个税，可能会使社保缴纳基数计算不准确。
- 例如，公司按照错误的工资申报数据确定社保缴纳基数，可能导致员工社保缴费负担不合理，影响员工享受社保待遇的水平。

总之，将1月代发工资个税在4月与3月一起申报是不恰当的做法，会带来税务合规风险和员工权益受影响的风险，建议企业按照正确的申报期限和申报方式进行个税申报。

以下是针对你描述的情况进行的处理建议：

一、会计处理

1. 1月份账务处理
- 计提工资
- 借：工程施工 - 合同成本 - 人工费（按照农民工实际应发工资金额）
- 贷：应付职工薪酬 - 工资（同上金额）
- 确认应付给甲方的款项
- 借：应付职工薪酬 - 工资
- 贷：应收账款 - 甲方（代发工资部分）

2. 3月份收到代发回单时的账务处理
- 由于在1月份已经做了上述账务处理，3月份收到回单时，主要是核对代发金额与应收账款等是否一致。如果发现有差异，需要根据具体情况进行调整。例如，如果代发金额小于应发工资，差额部分可能是扣除的个税或其他费用，需要根据实际情况进行调整；如果代发金额大于应发工资，可能需要冲减相应的负债或调整其他相关科目。

二、个税申报

1. 正常申报流程
- 如果按照正常的工资发放和个税申报流程，分包单位应在2月申报1月的农民工工资个税。但由于是甲方代发且回单延迟，导致无法在2月准确申报。

2. 4月补报个税的处理
- 更正申报
- 在4月进行个税补报时，可以通过电子税务局的自然人税收管理系统进行更正申报。具体操作可能因地区和税务系统的不同而有所差异，一般需要填写更正申报表，说明更正的原因（如代发回单延迟等），并提交相关的证明材料（如代发回单等）。
- 更正申报时，需要将1月的工资数据重新录入申报系统，计算应扣缴的个税，并进行申报。注意，此时应根据农民工的实际入职时间和工资标准等进行准确计算。
- 与税务机关沟通协调
- 在进行补报之前，建议先与主管税务机关进行沟通，说明情况并获取指导。税务机关可能会要求提供相关的解释材料和证明文件，如代发协议、工资支付凭证、农民工入职证明等。
- 避免重复申报和错误申报
- 在补报过程中，要仔细核对申报数据，确保不出现重复申报或错误申报的情况。特别是要注意农民工的入职时间、工资标准等信息的准确性，以免影响个税的正确计算和申报。

总之，对于甲方代发农民工工资后延迟收到回单的情况，分包单位应在4月及时进行个税补报，并与税务机关保持良好的沟通协调，确保税务申报的合规性和准确性。

针对你提到的情况，即1月份甲方代发的农民工工资，但直到3月份才收到代发回单，需要在4月补报个税的问题，这里有一些具体的建议和步骤：

一、会计处理

1. 1月份账务处理
- 计提工资时
- 借：工程施工 - 合同成本 - 人工费（根据农民工实际应发工资金额）
- 贷：应付职工薪酬 - 工资（同上金额）
- 确认应付给甲方的款项时
- 借：应付职工薪酬 - 工资
- 贷：应收账款 - 甲方（代发工资部分）

2. 3月份收到代发回单时的账务处理
- 由于在1月份已经做了上述账务处理，3月份收到回单时，主要是核对代发金额与应收账款等是否一致，一般不需要重复做账务处理。如果发现有差异，需要根据具体情况进行调整。例如，如果代发金额小于应发工资，差额部分可能是扣除的个税或其他费用，需要根据实际情况进行调整；如果代发金额大于应发工资，可能需要冲减相应的负债或调整其他相关科目。

二、个税申报

1. 正常申报流程（按理应在2月申报1月工资）
- 如果按照正常的工资发放和个税申报流程，分包单位应在2月申报1月的农民工工资个税。但由于是甲方代发且回单延迟，导致无法在2月准确申报。

2. 4月补报个税的处理
- 更正申报
- 在4月进行个税补报时，可以通过电子税务局的自然人税收管理系统进行更正申报。具体操作可能因地区和税务系统的不同而有所差异，一般需要填写更正申报表，说明更正的原因（如代发回单延迟等），并提交相关的证明材料（如代发回单等）。
- 更正申报时，需要将1月的工资数据重新录入申报系统，计算应扣缴的个税，并进行申报。注意，此时应根据农民工的实际入职时间和工资标准等进行准确计算。
- 与税务机关沟通协调
- 在进行补报之前，建议先与主管税务机关进行沟通，说明情况并获取指导。税务机关可能会要求提供相关的解释材料和证明文件，如代发协议、工资支付凭证、农民工入职证明等。
- 避免重复申报和错误申报
- 在补报过程中，要仔细核对申报数据，确保不出现重复申报或错误申报的情况。特别是要注意农民工的入职时间、工资标准等信息的准确性，以免影响个税的正确计算和申报。

总之，对于甲方代发农民工工资后延迟收到回单的情况，分包单位应在4月及时进行个税补报，并与税务机关保持良好的沟通协调，确保税务申报的合规性和准确性。