我公司与某母公司签订服务合同，合同中约定由母公司的分公司收款...

根据我多年的会计经验，关于您提出的总公司签订合同但由分公司收款并开具发票的情况，这在税务处理上是可行的，但需确保合同、发票、资金三流一致，以符合税务合规性要求。 1. 建筑行业：根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号），建筑企业与发包方签订建筑合同后，可以通过内部授权或三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（如分公司）为发包方提供建筑服务，并由该分公司直接与发包方结算工程款，同时由分公司缴纳增值税并向发包方开具增值税发票。 2. 非建筑行业：虽然税法没有针对所有行业出台明确的统一规定，但可以借鉴建筑行业的税务处理思路。如果总公司签合同，希望由分公司来收款并开具发票，建议采取以下策略： - 直接签订合同：尽量让甲方与分公司直接签订合同，以确保合同、发票、资金的一致性。 - 签订三方合同：如果甲方不同意与分公司直接签约，或者出于集团管理的需要不允许分公司独立签约，则可以签订三方合同，即项目甲方、总公司及分公司共同参与的合同。合同中应明确约定由分公司执行合同内容，并由分公司开具发票及办理财务结算等相关手续。 3. 税务合规性：无论采取哪种方式，都需要确保业务真实存在，且合同、发票、资金三流一致。这是税务合规性的基本要求。 4. 注意事项： - 确保分公司具备开具发票的资格和能力，包括到当地税务机关进行纳税登记并取得国地税务登记证。 - 分公司作为独立的增值税纳税主体，其与总公司之间的业务往来（如提供服务、销售产品等）应正常申报纳税并开具发票。 - 如果总分公司的企业所得税是汇总纳税的，那么分公司抬头的费用发票可以在企业所得税前扣除。 综上所述，总公司签订合同但由分公司收款并开具发票在税务上是可行的，但需确保业务真实、合同、发票、资金三流一致，并遵守相关税务法规的规定。