在会计处理中，固定资产的购买通常按照实际支付的金额进行入账。如果购买固定资产时，先支付了90%，而剩余的10%将在两年后且没有质量问题的情况下支付，那么在开票时，应该开具90%的金额。
这是因为发票应该反映实际的交易情况，即目前实际已经发生的支付。剩余的10%尚未支付，因此不应在当前开具发票。待到两年后，如果没有质量问题并且支付了剩余的10%，那时可以根据双方的协议和实际情况，决定是否补开发票或者以其他形式确认剩余款项的支付。
因此，对方应该开具90%的金额的发票。
在会计处理中，固定资产的购买通常按照实际支付的金额进行入账。如果购买固定资产时，先支付了90%，而剩余的10%将在两年后且没有质量问题的情况下支付，那么在开票时，应该开具90%的金额。
这是因为发票应该反映实际的交易情况，即目前实际已经发生的支付。剩余的10%尚未支付，因此不应在当前开具发票。待到两年后，如果没有质量问题并且支付了剩余的10%，那时可以根据双方的协议和实际情况，决定是否补开发票或者以其他形式确认剩余款项的支付。
因此，对方应该开具90%的金额的发票。
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