根据《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）第二条规定，合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
因此，合伙企业投资新三板分红给合伙企业自然人，应按股息利息红利所得交纳个人所得税，而不是按生产经营所得缴纳个人所得税。
根据《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）第二条规定，合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
因此，合伙企业投资新三板分红给合伙企业自然人，应按股息利息红利所得交纳个人所得税，而不是按生产经营所得缴纳个人所得税。
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