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在填写增值税申报表时，关于小规模纳税人季度销售额低于30万元时个税手续费返还的销售额计算问题，这主要取决于具体的税收政策和申报表的设计。以下是根据当前税收政策和普遍做法给出的解答：

一、销售额计算基础

1. 季度销售额低于30万元：对于小规模纳税人而言，如果季度销售额未超过30万元，根据现行税收政策，这部分销售额是可以享受免征增值税优惠的。这意味着，在计算应纳税额时，这部分销售额将不被纳入增值税的计税基础。

2. 个税手续费返还：个税手续费返还通常指的是企业因代扣代缴个人所得税而从税务机关获得的手续费返还。这是一种补偿性质的收入，与企业经营产生的销售收入性质不同。

二、增值税申报表填写

1. 销售额栏次：在填写《增值税及附加税费申报表（小规模纳税人适用）》时，第1行“应征增值税不含税销售额（3%征收率）”栏次通常用于填写适用3%征收率的应税销售收入。然而，对于季度销售额低于30万元的部分，由于享受免征增值税政策，因此这部分销售额在理论上不应被填入这一栏次。但实际操作中，为了保持报表的完整性和准确性，有些企业可能会将这部分销售额以0税率或免税销售额的形式填入该栏次或相关备注栏。具体填法可能因地区和税务机关的要求而有所不同。

2. 免税销售额栏次：如果申报表设有专门的免税销售额栏次（如某些地区的申报表可能在第1行下方设有“免税销售额”栏次），则小规模纳税人应将季度销售额低于30万元的部分填入该栏次。这样做可以更直观地反映企业享受免征增值税政策的销售额情况。

3. 个税手续费返还：对于个税手续费返还，由于它不属于增值税的应税收入，因此在填写增值税申报表时，通常不需要将其纳入任何与增值税相关的销售额栏次。如果申报表设有“其他收入”或类似栏次，并且税务机关要求填报此类收入，则可以将个税手续费返还作为其他收入进行填报。否则，可以不填报在增值税申报表中。

综上所述，对于小规模纳税人季度销售额低于30万元的情况，在填写增值税申报表时，应根据实际情况和税务机关的要求来选择合适的栏次进行填报。同时，对于个税手续费返还等非增值税应税收入，应根据具体情况判断是否需要填报以及如何填报。