针对以前年度已经勾选抵扣的发票发现不能抵扣且已用于纳税申报且不能撤销和作废申报的情况，以下是我的处理建议：
### 一、自查与确认
1. 检查发票状态：首先需要确认该发票是否确实无法抵扣。例如，检查发票是否已被开具方作废或红冲，或者是否存在其他导致发票无效的原因。若为作废或红冲发票，需进一步核实是否已及时获取相关证明文件。
2. 核对税务政策：仔细核对相关的税务政策和法规，确保对此类情况的处理有准确的理解。特别是关于发票作废、红冲以及进项税额转出的相关规定。
3. 确认抵扣情况：通过税务系统或相关报表，确认该发票的抵扣情况，包括已抵扣的税额、所属期间等，以便后续进行准确的会计处理。
### 二、调整分录与申报
1. 进项税额转出：如果发现该发票确实无法抵扣，应立即进行进项税额转出处理。根据发票金额和已抵扣的税额，编制相应的会计分录，将已抵扣的税额从“应交税费-应交增值税（进项税额）”科目中转出至“应交税费-应交增值税（进项税额转出）”科目。
2. 补缴税款：由于进项税额转出会导致应纳税额增加，因此需要计算应补缴的税款金额，并及时向税务机关申报补缴税款。
3. 调整财务报表：根据进项税额转出和补缴税款的情况，调整相关的财务报表项目，如利润表、资产负债表等，以确保财务报表的准确性。
### 三、沟通与备案
1. 与税务机关沟通：及时与当地税务机关沟通，说明情况并提交相关的证明材料。税务机关会根据具体情况给出指导性意见或处理方案。
2. 内部备案与审批：在企业内部进行备案和审批流程，确保所有相关部门都了解此事并同意处理方案。这有助于避免未来的类似问题再次发生。
综上所述，对于以前年度已勾选抵扣但现发现不能抵扣的发票，应立即进行自查与确认，根据具体情况调整会计分录和财务报表，并与税务机关沟通以获取专业指导。同时，加强内部管理和培训，提高财务人员的专业素养和风险意识，以防止类似问题的再次发生。
针对以前年度已经勾选抵扣的发票发现不能抵扣且已用于纳税申报且不能撤销和作废申报的情况，以下是我的处理建议：
一、自查与确认
1. 检查发票状态：首先需要确认该发票是否确实无法抵扣。例如，检查发票是否已被开具方作废或红冲，或者是否存在其他导致发票无效的原因。若为作废或红冲发票，需进一步核实是否已及时获取相关证明文件。
2. 核对税务政策：仔细核对相关的税务政策和法规，确保对此类情况的处理有准确的理解。特别是关于发票作废、红冲以及进项税额转出的相关规定。
3. 确认抵扣情况：通过税务系统或相关报表，确认该发票的抵扣情况，包括已抵扣的税额、所属期间等，以便后续进行准确的会计处理。
二、调整分录与申报
1. 进项税额转出：如果发现该发票确实无法抵扣，应立即进行进项税额转出处理。根据发票金额和已抵扣的税额，编制相应的会计分录，将已抵扣的税额从“应交税费-应交增值税（进项税额）”科目中转出至“应交税费-应交增值税（进项税额转出）”科目。
2. 补缴税款：由于进项税额转出会导致应纳税额增加，因此需要计算应补缴的税款金额，并及时向税务机关申报补缴税款。
3. 调整财务报表：根据进项税额转出和补缴税款的情况，调整相关的财务报表项目，如利润表、资产负债表等，以确保财务报表的准确性。
三、沟通与备案
1. 与税务机关沟通：及时与当地税务机关沟通，说明情况并提交相关的证明材料。税务机关会根据具体情况给出指导性意见或处理方案。
2. 内部备案与审批：在企业内部进行备案和审批流程，确保所有相关部门都了解此事并同意处理方案。这有助于避免未来的类似问题再次发生。
综上所述，对于以前年度已勾选抵扣但现发现不能抵扣的发票，应立即进行自查与确认，根据具体情况调整会计分录和财务报表，并与税务机关沟通以获取专业指导。同时，加强内部管理和培训，提高财务人员的专业素养和风险意识，以防止类似问题的再次发生。
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