一般纳税人购进免税农产品，按10%抵扣进项税额时，发票勾选抵扣的操作如下：
- 无需处理即可进行抵扣勾选的发票：农产品收购发票、电子发票服务平台开具的自产农产品销售发票、从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票、海关缴款书，可直接进入抵扣类勾选模块进行勾选。具体流程为登录电子税务局，进入“发票业务”功能页面，点击“发票勾选确认”-“抵扣类勾选”，进入“抵扣勾选”-“发票”模块，“勾选状态”选择“未勾选”，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”后，点击“查询”，选择相应发票后，点击“提交勾选”，核对数据无误后，点击“确定”即可。
- 需要待处理后进行抵扣勾选的发票：税控系统开具的自产农产品增值税普通发票、从小规模纳税人处购进的3%农产品专用发票，需要先进行处理。以税控系统开具的自产农产品增值税普通发票为例，进入“待处理农产品发票”-“自产农产品销售发票”模块，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”“是否处理”三个查询条件后，点击“查询”，勾选相应发票，并根据实际情况选择“类型”，点击“提交”，之后即可到“抵扣勾选”-“发票”模块对这些发票进行勾选
一般纳税人购进免税农产品，按10%抵扣进项税额时，发票勾选抵扣的操作如下：
- 无需处理即可进行抵扣勾选的发票：农产品收购发票、电子发票服务平台开具的自产农产品销售发票、从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票、海关缴款书，可直接进入抵扣类勾选模块进行勾选。具体流程为登录电子税务局，进入“发票业务”功能页面，点击“发票勾选确认”-“抵扣类勾选”，进入“抵扣勾选”-“发票”模块，“勾选状态”选择“未勾选”，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”后，点击“查询”，选择相应发票后，点击“提交勾选”，核对数据无误后，点击“确定”即可。
- 需要待处理后进行抵扣勾选的发票：税控系统开具的自产农产品增值税普通发票、从小规模纳税人处购进的3%农产品专用发票，需要先进行处理。以税控系统开具的自产农产品增值税普通发票为例，进入“待处理农产品发票”-“自产农产品销售发票”模块，选择“开票日期（起）”“开票日期（止）”“是否处理”三个查询条件后，点击“查询”，勾选相应发票，并根据实际情况选择“类型”，点击“提交”，之后即可到“抵扣勾选”-“发票”模块对这些发票进行勾选
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