根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十五条的规定，取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。
因此，如果个独企业的法人没有按月申报个税，即没有综合所得，那么专项附加扣除可以在申报经营所得年度汇算清缴的时候扣除。
至于选择申报经营所得的时候扣除与现在法人在个税App上申报2025年专项扣除信息时候的申报方式的关系，这两者是独立的操作。在个税App上申报专项扣除信息是为了预扣预缴环节享受政策优惠，而经营所得的汇算清缴是在年度结束后进行的。无论在个税App上选择哪种申报方式，都不影响经营所得汇算清缴时专项附加扣除的申报。
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十五条的规定，取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。
因此，如果个独企业的法人没有按月申报个税，即没有综合所得，那么专项附加扣除可以在申报经营所得年度汇算清缴的时候扣除。
至于选择申报经营所得的时候扣除与现在法人在个税App上申报2025年专项扣除信息时候的申报方式的关系，这两者是独立的操作。在个税App上申报专项扣除信息是为了预扣预缴环节享受政策优惠，而经营所得的汇算清缴是在年度结束后进行的。无论在个税App上选择哪种申报方式，都不影响经营所得汇算清缴时专项附加扣除的申报。
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